Що сталося з Нео?

Після нетривалої погоні Нео дістається кімнати з телефоном, на порозі якої його зустрічає Сміт і розстрілює героя впритул. Нео вмирає. Після цього показується сцена в реальному світі, де Трініті каже, що Піфія передбачила, що вона полюбить Обраного, а отже, Нео не може померти.

Ніхто не знає, чому Нео і Трініті до ладу не постаріли – мабуть, річ у тому, що їхні нинішні тіла сильно модифіковані машинами.

Однак, Нео не є звичайною людиною. Померши в Матриці, згідно з її законами, він не вмер у реальному світі (як усі інші). Сидячи в кріслі і підключений до Матриці, він перебував у перехідному стані, в клінічній смерті, наполовину вірив у те, що вмирає, але реально був цілком живий.

За словами Вачовські, ідея воскресити їх прийшла їй у найважчий період життя через переживання через втрату майже всіх близьких людей — батьків і найкращого друга. Режисер поділилася, що постійно плакала ночами і не могла впоратися із стражданнями. При цьому вона придумала нову історію про Нео та Трініті.